Finansministeriet, CO10 – Centralorganisationen af 2010 og Trafikforbundet har indgået organisationsaftale for visse operative medarbejdere og ledere i Naviair. Organisationsaftalen omfatter aspiranter, flyvelederassistenter, apron tower flyveledere, information flyveledere, simulatoroperatører, FIC-operatører, teamchefer, ledere og chefer i Naviair.